FPGA的配置方式有以下几种，JTAG，AS，PS，AP，FPP等几种。
图1 3种FPGA配值方式
AS模式 AS模式 (active serial configuration mode)又称主动串行配置模式。将.pof文件烧写到flash（掉电不丢失）芯片，FPGA器件每次上电时，作为主控制器从配置器件flash（EPCS）主动读取程序文件并存放至FPGA内部的配置存储器（configure RAM），实现逻辑运作，该方法适用于不需要经常升级的场合，一次性读取程序文件。掉电程序不丢失。PS模式 PS模式(passive serial configuration mode)又称被动串行配置模式。EPCS（flash）作为主控制器，把数据写人到FPGA内部的配置存储器（configure RAM）中，实现对FPGA的编程。在这个模式下，FPGA被动的等待配置起始信号，然后接受配置文件，完成配置。即每次在FPGA上电时，由外部器件完成FPGA的配置。可以采用微控制器（单片机、ARM等）或者CPLD，该模式可以实现对FPGA在线可编程，升级方便。JTAG JTAG模式下将.sof文件下载到FPGA内部的SRAM内部进行运行。由于是SRAM，断电后要重烧录，主要用于前期的调试阶段。 可以将.sof转换为jic文件，通过JTAG烧录到EPCS中（固话到配置芯片中），掉电不丢失。
直接烧到FPGA里面的，由于是SRAM，断电后要重烧录，适用于调试；而JTAG可以在线调试，也可以将 sof 转换为 IIc 后通过JTAG烧录到EPCS中（固话到配置芯片中）。