目录
1、软件对比
2、软件使用
Bowtie2
BWA
Minimap2
STAR
HISAT2
病原微生物分析系统
在对一个已知物种进行测序后，通常需要将下机数据进行序列质量的质控，随后将质控后的序列比对到这个物种的参考序列上，来进行后续的研究，比如变异分析、获取一致性序列、mRNA定量、去宿主/污染等。
目前常用的用于高通量测序下机数据比对到参考基因组，最终的到sam文件的比对软件有以下几种，分别为BWA，Bowtie2，STAR，HISAT2，Minimap2。
这些软件分别对应不同的使用场景，比如在比对二代/三代测序数据，DNA/RNA序列都有各自的优势。
1、软件对比
软件
数据类型
主要优势
典型使用场景
Bowtie2
DNA短读长 (Illumina)
超快、内存低、支持end-to-end/local模式
WGS/WES/ChIP-seq/ATAC-seq（短读长DNA比对）
BWA-MEM
DNA短读长/中等长读长
高精度（尤其indel）、支持>100bp长读长
重测序、外显子组、PacBio CLR数据
Minimap2
长短读长通用
速度极快、内存占用低、支持ONT/PacBio
长读长比对、交叉物种比对、快速短读长分析(支持但不建议)
STAR
RNA-seq